Początek Kolekcji Sztuki Starożytnego Egiptu dały dziewiętnastowieczne zbiory Uniwersytetu Warszawskiego (w tym sarkofag z mumią w kartonażu kapłana Hor-Dżehuti, który trafił do warszawskich zbiorów już w 1826 r.) oraz przekazana za pośrednictwem Zachęty w 1919 r. kolekcja Tyszkiewiczów z Łohojska (m.in. papirus z Księgą Umarłych Bakai). Te dwa obiekty są jednymi z najcenniejszych w kolekcji starożytnej sztuki egipskiej. Kolekcja składa się także z obiektów pochodzących z polskich wykopalisk m.in. z Edfu, licznych darów przekazanych przez prywatnych kolekcjonerów, a także depozytów Luwru.

Z koleii kolekcja zabytków pochodzących z różnych obszarów cywilizacyjnych Starożytnego Bliskiego Wschodu (Mezopotamii, Iranu, Syrii, Fenicji) odzwierciedla, choć tylko w ograniczonym zakresie, dorobek bogatych, wysoko rozwiniętych centrów, istniejących na tym obszarze od epoki neolitu (9. tysiąclecie przed Chr. do upadku Imperium Achemenidów (IV w przed Chr.).