W Zbiorach Sztuki Wschodniochrześcijańskiej znajdują się zabytki sztuki i rzemiosła z okresu chrześcijańskiego na Wschodzie, głównie z Egiptu koptyjskiego, sudańskiej Nubii, Etiopii, Bizancjum i Rosji. W ramach Zbiorów istnieją wyodrębnione: kolekcja sztuki etiopskiej, koptyjskiej i nubijskiej oraz kolekcja ikon i rzemiosła bizantyńskiego. Zbiory posiadają własną Galerię Faras im. Prof. Kazimierza Michałowskiego oraz magazyn.

Zabytki związane z kulturą chrześcijańską w krajach Wschodu zaczęto gromadzić jeszcze przed formalnym powstaniem Zbiorów w 1996 r. W roku 1937 do MNW trafiły pierwsze zabytki pochodzące z francusko-polskich wykopalisk w Edfu w Egipcie, przekazane przez Uniwersytet im. Józefa Piłsudskiego w Warszawie jako depozyt. Były wśród nich także zabytki koptyjskie, których część umieszczono w salach otwartej w 1938 r. Galerii Sztuki Starożytnej. Po II wojnie światowej do Muzeum trafiły zespoły tkanin koptyjskich z przedwojennych zbiorów muzealnych w Gdańsku i Wrocławiu, w 1960 r. przywieziono pierwsze zabytki z Faras w północnym Sudanie, gdzie w latach 1960–1963 prowadzili wykopaliska polscy archeolodzy uczestniczący w tak zwanej kampanii nubijskiej, to jest akcji ratowania zabytków starożytnej Nubii. Faras (starożytne Pachoras) było w okresie średniowiecza znaczącym ośrodkiem politycznym i religijnym chrześcijańskiego królestwa Nobadii, jednego z trzech organizmów politycznych, jakie powstały w dolinie Nilu, na południe od pierwszej katarakty, po rozpadzie w III w. państwa meroickiego. W Faras archeolodzy odkryli m.in. dobrze zachowane ruiny kościoła katedralnego z VIII w., którego ściany były pokryte malowidłami o tematyce religijnej z VIII–XIV w., zdjętymi ze ścian przez konserwatorów z MNW. W myśl umowy zawartej między Polską a Sudanem mniej więcej połowa znalezisk z Faras trafiła do nas. Obecnie większość prezentowana jest w Galerii Faras w ramach stałej ekspozycji. W następnych latach zbiory powiększały się systematycznie o zabytki nubijskie z okresu chrześcijańskiego, pochodzące z polskich wykopalisk w Starej Dongoli w Sudanie. W latach 70. i 80. ubiegłego wieku w wyniku podziału znalezisk archeologicznych udało się pozyskać zabytki koptyjskie z Tell Atrib i Naqlun w Egipcie, głównie naczynia ceramiczne oraz drobne przedmioty z drewna i kamienia. W 1975 r. dr Wacław Korabiewicz przekazał Muzeum Narodowemu w wieczysty depozyt kolekcję krzyży z Etiopii, która stała się zaczątkiem nowej kolekcji sztuki etiopskiej. Już po utworzeniu Zbiorów Sztuki Wschodniochrześcijańskiej zapadła decyzja o przejęciu z innych Zbiorów MNW zabytków bizantyńskich i postbizantyńskich oraz ikon rosyjskich i wyrobów rzemiosła cerkiewnego. Początkowo niewielka kolekcja ikon pozyskanych przez Muzeum w okresie przedwojennym i powojennym dzięki zakupom i przekazom od osób prywatnych, jak również pochodzących z utworzonych po wojnie składnic muzealnych, powiększa się nieustannie o nowe zakupy, przekazy oraz depozyty różnych instytucji.