Zasadniczy trzon zbioru przedwojennego stanowiły medale z kolekcji Kazimierza hrabiego Sobańskiego. Były to medale królewskie, głównie egzemplarze bite w złocie – zaginęły w czasie II wojny światowej. W roku 1924 Muzeum kupiło znaczny zbiór 1460 medali porozbiorowych od Henryka Phulla i 179 medali królewskich od znanego kolekcjonera, Henryka Mańkowskiego. W 1938 r. przekaz z Państwowych Zbiorów Sztuki obejmował także 1000 medali, a wraz z nim przekaz z muzeum w Rapperswilu, obejmujący nie tylko medale, ale i medaliony oraz kolekcję medalików religijnych. Kolekcja medalików religijnych stanowi znaczącą część Działu Medali Polskich dzięki cennym kolekcjom przedwojennym: Dominika Witke-Jeżewskiego, z Muzeum w Rapperswilu, Stanisława Kosieradzkigo, obejmującej 4720 medali, medalików religijnych i 2272 żetonów, plakiet oraz odznak związkowych.

Po wojnie, poważnie rozgrabiony, zbiór systematycznie był powiększany o kolekcję Andrzeja Potockiego, zbiory medali z kolekcji Mennicy Państwowej, liczne dary i odzyski ze złomu srebrnego z Wytwórni Wyrobów Jubilerskich. Mimo ogromnych strat poniesionych przez lata okupacji medale polskie tworzą kolekcję od najwcześniejszych, szesnastowiecznych, do czasów współczesnych. Są reprezentowane przez najlepszych medalierów – Giovanniego Marii Padovana, Sebastiana Dadlera, Jana Hohna, Jana Buchheima, Jana Filipa Holzhaeussera - w jego wykonaniu wszystkie medale z czasów panowania Stanisława Augusta Poniatowskiego ze słynną świtą królewską i medal wybity w złocie z okazji otwarcia Mennicy Warszawskiej.

Wiek XIX i początki XX charakteryzuje nurt patriotyczny w medalierstwie polskim z wybitnymi jego twórcami: Władysławem Leszczyńskim, Kazimierzem Chodzińskim, Janem Wysockim, Janem Raszką, Stanisławem Lewandowskim, Konstantym Laszczką.