W uformowaniu Kolekcji Sztuki Egipskiej zasadniczą rolę odegrały zabytki uzyskane z wykopalisk prowadzonych w latach 1937 – 1939 przez polską misję archeologiczną we współpracy z Francuskim Instytutem Archeologii Wschodu w Kairze w miejscowości Edfu położonej w Górnym Egipcie. Ich przekazanie jako depozytu Uniwersytetu Warszawskiego uświetniło otwarcie nowego gmachu MNW w 1938 r.

W bogatym materiale archeologicznym pochodzącym z Edfu najcenniejszym zabytkiem, o dużej wartości artystycznej i historycznej są tzw. ślepe wrota grobowca dostojnika Izi z VI dynastii. Wśród obiektów odnalezionych na nekropoli ze Starego i Średniego Państwa wyróżnia się zespół stel grobowych i wotywnych oraz naczynia kamienne, brązowe i gliniane o wysokiej jakości artystycznej i technologicznej. Na terenie dzielnicy miejskiej Edfu z epoki ptolemejsko-rzymskiej odkryte zostały (oprócz fragmentów architektonicznych) m. in. reliefowe modele z atelier rzeźbiarza oraz bogaty zespół plastyki terakotowej, a także zespół papirusów i ostraków greckich z tekstami gospodarczymi. Do kolekcji egipskiej włączone zostały wówczas także sarkofagi skrzyniowe z Meir i antropoidalne z Deir el- Medina, podarowane przez Francuski Instytut Archeologii Wschodu Starożytnego w Kairze.

Do najbardziej wartościowych zabytków przedwojennej kolekcji egipskiej należą także sarkofagi z dziewiętnastowiecznych zbiorów starożytnych Uniwersytetu Warszawskiego oraz papirus z Księgą Umarłych (Ba)Kai z kolekcji Tyszkiewiczów z Łohojska, a także pochodzący z zakupu cenny portret fajumski chłopca. 

Po II wojnie światowej kolekcja egipska została uzupełniona m. in. zabytkami z dawnych zbiorów niemieckich przejętych na terenie tzw. Ziem Zachodnich. Na szczególną uwagę zasługuje zespół naczyń i paleta kamienna z Okresu Predynastycznego oraz fragmenty reliefów z nekropoli w Abusir ze Starego Państwa.

W 1956 r. prof. Kazimierz Michałowski ponownie podjął wykopaliska w Egipcie, zaczęły wtedy napływać zabytki z miejscowości Tell Atrib położonej w Delcie, reprezentujące ceramikę i plastykę terakotową epoki ptolemejsko-rzymskiej. Wówczas do kolekcji został włączony ważny zespół świątynnych fragmentów architektonicznych wraz z blokami ze świątyni Totmesa III oraz elementami budowli z czasów państwa Meroe z wykopalisk w Faras, miejscowości położonej już na terenie Sudanu.

Wraz z przejęciem historycznych kolekcji prywatnych napłynęły cenne działa drobnej plastyki oraz obiekty rzemiosła artystycznego związane z wyposażeniem grobowym. W kolekcji wilanowskiej Branickich, będącej depozytem Muzeum Pałac w Wilanowie wybitną wartość artystyczną reprezentuje głowa kamiennego posążku Ozyrysa z Okresu Późnego, a z kolekcji gołuchowskiej Czartoryskich wyróżnić należy maskę kartonażową chłopca i drewnianą rzeźbę Anubisa z Nowego Państwa oraz złote pierścienie z Okresu Późnego.

Ważnym uzupełnieniem zbiorów jest depozyt Muzeum Luwru, dzięki któremu od 1960 r. kolekcja sztuki egipskiej została wzbogacona o monumentalne   posągi lwiogłowej bogini Sachmet oraz boga Amona pochodzące z okręgu świątynnego w Karnaku z czasów  Nowego Państwa.